Záleží na tom, jestli myslíš konkrétní ministerstvo (tzn. třeba české - "program Ministerstva financí (přičemž je myšleno MF České republiky a název země je jen vynechán - tak tam je velké M). V případě, že by ale šlo obecně o ministerstvo, např. "program ministerstev čtyř stáů..." by tam bylo malé m.
