Na rozdíl od ostatních halogenvodíků je vazba F-H mimořádně silná, navíc oba atomy jsou mimořádně malé a nepolarizovatelné. Proto je elektrolytická disociace obtížná a fluorovodík je středně silnou až slabou kyselinou (pKa = 3,15). Vysoká polarita vede k tvorbě silných vodíkových můstků, které zvyšují bod tání i varu.
