Protože to je slovo přejaté, Mycenae, -arum, -a, je jeho latinská podoba, pocházející z řečtiny. Počeštěně Mykény. Tedy proto, že se tam "y" píše i v latině.
Jinak, i/y píšeme dle toho, jak se jazykovědci dohodli při stanovování pravidel č.j., v polovině 19. století. Čeština ve většině případů (krom měkké/tvrdé souhlásky) neodlišuje foneticky i/y .