Vzhledem k tomu, že fluorid křemičitý je plyn a jeho hustota za standardních podmínek odpovídá molární hmotnosti SiF4, tak bude mít molekula tvar tetrardrus atomy F v rozích. Atom křemíku je hybridizován sp3, sigmavazby jsou zesíleny interakcí pí d-orbitalů atomu Si s volnýmí páry atomů fluoru.
