Silně polární molekuly vody jsou i v kapalném stavu uspořádány do větších celků - klastrů. Důsledkem toho je řada fyzikálních vlastností, které neodpovídají molární hmotnosti. Voda má na příklad výrazně vyšší bod varu, než podobné sloučeniny H2S nebo H2Se. Podobně jako u modifikací pevných látek, se tvar a velikost těchto klastrů mění s teplotou a tím se mění i hustota vody.
