Pojem genotypová mutace jsem nikdy neslyšel, ale obecně bych mutace rozdělil na genové a chromosomové, chromosové lze dále rozdělit na strukturní a numerické. Hádám tedy, že genotypové mutace budou ony genové - např. delece basí, různé frame-shift, silence, missense mutace aj., zatímco chromosomové strukturní mění strukturu celého chromosomu nebo jeho značného úseku a numerické mění počet buďto jednotlivých chromosomů (47, XX, +21) nebo celé sady (69, XXY).
"Genomové mutace" jsou vlastně v dělení uvedeném nahoře ekvivalentem numerických chromosomových mutací, "chromosomové mutace" pak odpovídají opět v předchozím dělení mutacím chromosomovým strukturním.