Je to absolutně něco jiného, polohová izomerie souvisí s jiným umístěním funkčních skupin, vazeb a jiných skupin (např. propan-1-ol X propan-2-ol, prop-1-en X prop-2-en, 3-methylpentan X 2-methylpentan). Konformační izomerie vychází z reality, že kolem jednoduchých vazeb se mohou atomy otáčet a vznikají tak různé konformace např. u ethanu, kdy pokud vodíky budou ve stejných rovinách (zákryt), bude to pro ně energeticky velice nevýhodná situace (odpuzují se) a aby toho bylo vůbec dosaženo, musí se tato energie dodat, proto se ethan vyskytuje v konformaci nezákrytové, kdy pokud bys dal oba atomy uhlíku za sebe, úhel mezi všemi 6 vodíky by byl 360/6 = 60°. Podobně významné jsou i konformace butanu. Ale týká se to i cyklických útvarů, je samozřejmostí znát konformace cyklohexanu - vanička, židlička, zkřížená vanička (twist boat) a s nimi související vazby axiální a ekvatoriální.
