Molekula je nejmenší částice (skládá se z atomů), která si zachová vlastnosti dané látky. Když máš třeba sklenici plnou vody, tak vodu ve sklenici můžeš rozdělit na dvě části. A tu jednu část zase na dvě menší části a tak dále, až ti zůstane jen jedna molekula vody (skládající se ze dvou vodíků a jednoho kyslíku - H2O). Ta molekula vody má stále vlastnosti vody. Když ale tu molekulu vody rozdělíš na jednotlivé atomy, tak ty už vlastnosti vody mít nebudou.
Molekula úzce souvisí s chemickou reakcí, reagují spolu totiž na molekulární úrovni. Některé chemické látky (prvky) však molekulu přímo totožnou s atomem (He - helium aj.) a jiné atomy se vyskytují pouze v např. dvouatomových molekulách např.: O2, N2, H2 nebo trojatomových: P3, síra třeba jako S6, apod.
Pojem molekuly pak úzce souvisí s pojmem mol (látkové množství) v chemických reakcích totiž reaguje mol s molem, nebo jejich celočíselné násobky a stejně tak se zapisují v chemických reakcích.