Jedny z prvních zkamenělin (prokaryotní buňky) se nachází v silicitech jižní Afriky, 3,4 mld let starých.Fosílie jsou jen několik tisícin milimetrů velké a pozorují se mikroskopem ve výbrusu. Organismy jsou podobné dnešním bakteriím. Bakterie jsou příkladem jednoduché prokariotické buňky. Z dnešních žijících organismů mají pouze bakterie a zelené řasy tento druh stavby. Prokaryota mohly absorbovat živiny přes buněčnou stěnu. Zdroj těchto živin ale nemohl být stejný jako dnes, tzn.rostlinná a živočišná pletiva. Živiny ale mohly vznikat spontánně z takových složek atmosféry a hydrosféry, jako jsou metan, amoniak, CO2. První organismy si vystačí s živinami rozpuštěnými ve vodě. Jejich přísun se ale postupně snižuje a organismy jsou nuceny si začít vyrábět vlastní potravu. Začínají využívat fotosyntézu. První takové organismy se objevují před 3 mld. let. Jsou to modrozelené řasy, jejichž životní činností vznikají stromatolity. Stromatolity jsou kopky zvrstvených hornin, které se nachází v mělké vodě.
