Farmakodynamicky jsou to shodna leciva. Odlisuji se ve farmakokinetice. Je mezi nimi vyznamy rozdil v ucinnosti pri zakladnim davkovani (10mg ome, 20mg pante), ktery se se zvysujici davkou vytraci. Zasadni rozdil je v dobe nutne k aktivaci, ktera je u pantoprazolu az 3x delsi (90minut cca). Pantoprazol je slabsim inhibitorem CYP2C19.