Znaky alfabety používáme pro označení uhlíku, na němž se nachází funkční skupina -NH2, kterou aminokyseliny mají. Na rozdíl od čísel 1, 2, 3 atd. se prvním uhlíkem nerozumí uhlík skupiny -COOH, ale první uhlík řetězce, tudíž uhlík na -COOH nemá žádné označení, první uhlík řetězce je alfa. Proteinogenní aminokyseliny jsou všechno alfa-L-aminokyseliny. Pro příklad se podívej na GABA, čili kyselinu gama-aminomáselnou (kyselinu 4-aminomáselnou). Gama -> 4. uhlík neboli 3. uhlík řetězce, na něm bude -NH2.
