To, co chceš ve fluorescenčním mikroskopu vidět, si označíš fluorochromem (to je látka, která fluoreskuje). Takový označený materiál v mikroskopu osvítíš excitačním zářením, většinou se používá UV světla (záření o nízké vlnové délce, který naše oko nezachytí. Molekuly fluorochromu se excitují a vydávají emisní záření (zpravidla zááření o vyšší vlnové délce), který už naše oko zaznamená a materiál označený fluorochromem se nám v mikroskopu rozsvítí jako žárovka :)
